Wizard
Wizardは複雑な操作をユーザーとの対話形式で行えるようにしてくれるためのツール群です。Wizardには以下の種類が用意されており、選択することでInternal GUI画面にマウスで操作できるメニューが現れます。特に、MutagenesisとDensityのWizardは重宝することでしょう。
Appearance
Appearance Wizardは分子の表現（見た目の設定）を連続的に設定するためのツールです。このWizardを使用することで、マウスで選択しながら分子の色や表示形式を切り替えることができます。
通常、PyMOLにおいて分子の色や表現の変更は、selectコマンドまたはマウスで分子の範囲を選択した後で、オブジェクトパネルにある(sele)ボタンから変更を指示します。しかし、このAppearance Wizardは、先に色や表現の設定を指定しておいた状態から、マウスで分子の範囲を選択することで、選択した範囲に対して指定した色や表現を連続的に適用することができます。これにより、分子の表示方法を直感的に変更することが可能になります。
Appearance Wizardを起動すると、画像のように3つのメニューが表示されています。それぞれデフォルト値が設定されていますが、上から順に
- Toggle: 表示のON/OFFを切り替えるためのメニューです。
- Sticks: 表現形式を切り替えるためのメニューです。1番目のメニューでColorを選択している場合は、このメニューは色の選択肢に変化します。
- By Residue: 選択部分の切り替え単位の指定をするためのメニューです。
1番目のメニューについて、これをマウスでクリックすると[Color/Color (elem C), Toggle, Show, Hide]の選択肢が現れ、デフォルトはToggleになっています。Toggleは、選択した範囲の表示のON/OFFを切り替えるためのモードで、選択した範囲が表示されている場合は非表示にし、非表示の場合は表示するようになります。Showは、選択した範囲を表示するためのモードで、選択した範囲が非表示の場合は表示するようになります。Hideは、選択した範囲を非表示にするためのモードで、選択した範囲が表示されている場合は非表示にするようになります。 ColorとColor (elem C) は、選択した範囲の色を変更するためのモードで、2番目のメニューで選択した色を適用することになります。
2番目のメニューについて、これをマウスでクリックすると[Lines, Sticks, Spheres, Dots]の選択肢が現れ、デフォルトはSticksになっています。これらは分子の表現形式を切り替えるためのモードで、選択した範囲の表現形式を変更することになります。
3番目のメニューはマウスでクリックした時の分子の選択単位を指定します。デフォルトはBy Residueになっていますが、これをBy Atomに切り替えると、マウスでクリックしたときの選択単位が原子単位になります。これにより、より細かい範囲の選択が可能になります。
Mutagenesis
タンパク質の任意のアミノ酸の場所にアミノ酸点変異を導入したモデルを作成してくれます。実験科学者が「もしここに変異を入れたら隣り合うアミノ酸と干渉するだろうか？」ということを簡単に試してみたり、計算科学者が点変異を加えたタンパク質の分子動力学シミュレーションの初期座標として用いたりすることができます。また各アミノ酸にはrotamerと呼ばれる、エネルギー的に安定ないくつかのコンフォメーションのライブラリが内蔵されている上、周囲のアミノ酸の座標を検知した上で最もエネルギー的に安定なrotamerを自動的に選択してくれます。
詳細は第5章で。
Pair Fitting
Density
タンパク質の構造決定法がX線結晶構造解析法, 中性子回折法, クライオ電子顕微鏡によるものだった場合、その電子密度を表示させることができます。