Wizard

Wizardは複雑な操作をユーザーとの対話形式で行えるようにしてくれるためのツール群です。Wizardには以下の種類が用意されており、選択することでInternal GUI画面にマウスで操作できるメニューが現れます。特に、MutagenesisとDensityのWizardは重宝することでしょう。

タンパク質の任意のアミノ酸の場所にアミノ酸点変異を導入したモデルを作成してくれます。実験科学者が「もしここに変異を入れたら隣り合うアミノ酸と干渉するだろうか？」ということを簡単に試してみたり、計算科学者が点変異を加えたタンパク質の分子動力学シミュレーションの初期座標として用いたりすることができます。また各アミノ酸にはrotamerと呼ばれる、エネルギー的に安定ないくつかのコンフォメーションのライブラリが内蔵されている上、周囲のアミノ酸の座標を検知した上で最もエネルギー的に安定なrotamerを自動的に選択してくれます。

詳細は第5章で。