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2. 1. 第1章 PyMOL チュートリアル: アルカリホスファターゼの構造を見る
3. 1. 1.1. 目的
   2. 1.2. Protein Data Bank (PDB)にアクセスする
   3. 1.3. PDB データのダウンロード
   4. 1.4. PyMOL の起動
   5. 1.5. 大腸菌由来アルカリホスファターゼのグラフィック表示
   6. 1. 1.5.1. チェインごとの色分け
      2. 1.5.2. 二次構造ごとの色分け
      3. 1.5.3. 画像の保存
      4. 1.5.4. セッションファイルへの保存
      5. 1.5.5. リガンド結合部位への注目
   7. 1.6. ヒトアルカリホスファターゼとの構造比較
   8. 1.7. タンパク質の疎水性・親水性残基の分布を確認する
   9. 1.8. タンパク質の位置依存的なアミノ酸保存度の違いを理解する
   10. 1.9. アルカリホスファターゼの加水分解酵素としての働き
4. 2. 第2章 Internal GUI の使い方
5. 1. 2.1. 分子構造のロード
   2. 1. 2.1.1. 構造ファイルのロード
      2. 2.1.2. サポートしている構造ファイル形式
      3. 2.1.3. Biological Unitを考慮した分子構造のロード
   3. 2.2. 配列の表示
   4. 2.3. オブジェクトパネル
   5. 1. 2.3.1. 分子構造の表示形式のON/OFF (Show and Hide)
      2. 2.3.2. ラベルの設定(Label)
      3. 2.3.3. 色の設定(Color)
   6. 2.4. マウス操作
   7. 1. 2.4.1. 操作モード
      2. 2.4.2. 各モードにおける操作一覧
      3. 2.4.3. 操作の詳細
   8. 2.5. セッションの保存
   9. 2.6. 構造ファイルのエクスポート
   10. 2.7. 画像の保存
6. 3. 第3章 External GUIの使い方
7. 1. 3.1. File
   2. 3.2. Edit
   3. 3.3. Build
   4. 3.4. Movie
   5. 3.5. Display
   6. 3.6. Setting
   7. 3.7. Scene
   8. 3.8. Mouse
   9. 3.9. Wizard
   10. 3.10. Plugin
   11. 3.11. help
8. 4. 第4章 コマンドラインの使い方
9. 1. 4.1. 分子構造のロード
   2. 4.2. 保存
   3. 4.3. 分子構造の表示形式のON/OFF
   4. 4.4. オブジェクトの重ね合わせ
10. 5. 第5章 PyMOL の様々な機能
11. 1. 5.1. 結晶構造の電子密度マップを表示する
    2. 5.2. APBSプラグインを使った表面電荷表示
    3. 5.3. 動画の作成方法
    4. 5.4. 表示形式のプリセット
    5. 5.5. Gaussian 16のcubeファイルを開いて分子軌道を表示する
    6. 5.6. PyMOL上でのpythonスクリプトの実行
    7. 5.7. Pythonからpymolモジュールをimportして使う
12. 6. 第6章 プラグインを使う
13. 1. 6.1. プラグインのインストール方法
    2. 6.2. DSSPプラグイン
    3. 6.3. PyVOL GUIプラグイン
    4. 6.4. pLDDTカラーリングプラグイン
14. 7. 第7章 設定値
15. 1. 7.1. 概論
    2. 7.2. sphere描画関連
    3. 7.3. cartoon描画関連
    4. 7.4. surface描画関連
16. 8. Appendix
17. 1. 8.1. インストール方法
    2. 8.2. 用語
    3. 8.3. 選択範囲の文法と演算子