surface描画関連

surface_best

surface_best (float, default: 0.25) is a tuning parameter that should not need to be modified.

一応設定値として存在していますが、通常は変更する必要はありません。

surface_carve_selection

(string, default: blank) is the named selection of atoms about which the surface is carved.

surface_carve_selectionとsurface_carve_cutoffの設定により、分子表面の描画を原子選択の近傍に制限することができます。原子のサブセットに対してのみsurface表現を表示する場合とは異なり、描画は原子レベルではなく頂点（surface point）レベルで制御されます。

surface_carve_selectionの値は（selectで作成した）named selectionオブジェクトでなければなりません。つまり、chain Aのような選択式は使うことができません。

以下に、surface_carve_selectionを使ってsurfaceを描画したときと、使わずにshow surfaceで描画したときの違いを示します。

surface_carve_selectionでリガンド周辺の5 Å以内の原子を選択し、surface_carve_cutoffを5.0に設定してsurfaceを描画したとき。こちらは頂点 (surface point) レベルで描画が制御されます。

# PDB ID: 8z7zのロード
fetch 8z7z, async=0
# リガンド分子(VIB)をcarveseleオブジェクトとして選択
select carvesele, organic
# リガンド周辺の5 Å以内の原子をsurface_carve_selectionで選択
set surface_carve_selection, carvesele
set surface_carve_cutoff, 5
# surfaceを描画
show surface
# 見た目の調整
# mesh表示
set surface_type, 2
set surface_color, white
bg_color white
ray

使用しない場合。こちらは原子レベルで描画が制御されます。

# PDB ID: 8z7zのロード
fetch 8z7z, async=0
# リガンド分子(VIB)をcarveseleオブジェクトとして選択
select carvesele, organic
show surface, all within 5 of carvesele
# mesh表示
set surface_type, 2
set surface_color, white
bg_color white
ray

surface_carve_selectionを使うほうが、5Å近傍の表面をより正確に表現できている感じがします（ちょっとこの例だとわかりにくいかもしれませんが……）。

surface_carve_cutoff

surface_carve_cutoff (float, default: 0.0) controls the cutoff distance from surface_carve_selection atoms which surface points must meet to be included in the carved surface.

surface_carve_selectionで選択された原子からの距離がこの値よりも大きい場合、その点は刻んで彫り取った表面に含まれません。

surface_carve_normal_cutoff

(float, default: -1.0) controls the dot product threshold from surface_carve_selection atoms which surface points must meet to be included in the carved surface.

carveされた表面の法線ベクトルとsurface_carve_selectionで選択された原子との間の角度がこの値よりも小さい場合、その点は彫り取った表面に含まれません。

surface_carve_state

(integer, default: 0) is the controlling state for surface carving. By default, the corresponding coordinate set state is used.

surface_cavity_mode

surface_cavity_modeはPyMOLのcavity描画方法を変更します。通常0または1です。デフォルトは0で、全体のcavityを描画します。1に設定すると、反転したcavityを描画します。タンパク質のリガンドが入るような空隙を描画する際に便利です。

set surface_cavity_mode, 1

以下の図ではわかりやすさのためsurface_colorをcyanに設定しています。

surface_cavity_mode=0	surface_cavity_mode=1

surface_cavity_cutoff

(float, default: 0.0) controls the cutoff distance from surface_carve_selection atoms which surface points must meet to be included in the carved surface.

surface_cavity_cutoffはsurface_carve_selectionで選択された原子からの距離がこの値よりも大きい場合、その点は刻んで彫り取った表面に含まれません。

surface_cavity_radius

surface表示をしたときのcavityの半径を設定します。デフォルトは7.0です。surface_cavity_modeが1のときに有効のようです。

surface_cavity_radius=3.0	surface_cavity_radius=7.0

surface_circumscribe

surface_circumscribeは、PyMOLの内部で使用されるパラメータであり、通常は変更する必要はありません。デフォルトは2.0です。

surface_clear_cutoff

(float, default: 0.0) controls the cutoff distance from surface_clear_selection atoms which surface points must meet to be excluded for the carved surface.

surface_clear_selectionで選択された原子からの距離がこの値よりも大きい場合、その点は彫り取った表面から除外されません。デフォルトは0.0です。