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選択範囲の文法と演算子

https://pymolwiki.org/index.php/Selection_Algebra からの和訳です。

PyMOLのSelection文法を使うことで識別子（identifier）やプロパティに基づいてPyMOL内に表示されている原子を選択することができます。多くのPyMOLコマンド (color, show など) では、存在する原子の一部に対してのみ操作を適用するために、原子選択の引数を与えることが可能です。例えば

PyMOL>show spheres, solvent and chain A

これによって、「chain Aかつ溶媒のみ」（solvent and chain A）を「sphere表示にする(show spheres)」という操作を与えることができます。

Selectionは、論理演算子（true/falseのブール型変数、and, or, and notなど)と組み合わせることで、より精密に包括的に行うことができます。ブール型のandは指定されたプロパティの両方（またはすべて）を持つ項目のみを選択し、orはそれらのどちらか（またはいずれか）を持つ項目を選択します。

選択演算子/修飾子テーブル

選択演算子と修飾子を以下に示します。ダミー変数s1とs2は, chain aやhydro.といった選択式を表します。

距離演算子の比較

2原子の距離を基準に選択する上で類似した演算子がいくつかあります。以下の表ではどのように異なるかを詳しく示します。

文法 1: s1 operator X of s2 文法 2: s1 and (s2 operator X)

入力について

• 名前とキーワードは ignore_case が設定されていない限り大文字小文字を区別しない。
• 名前とキーワードは、曖昧でない接頭辞に省略することが可能。

おすすめ設定： 大文字小文字を区別して、省略されていない選択式で書きます。そうすることで、実行時の設定や将来の言語の変更 (新しいキーワードの追加など) に対して記述が堅牢になります。

実用例

Logicalな選択範囲は組み合わせることができます。例えば以下のようにしてチェインAの一部であり、残基番号125ではない原子を選択することができます。

# チェインAの一部であり、残基番号125ではない原子を選択。
select chain A and (not resi 125)

以下に様々な選択範囲の結合例を示します。

# 以下の2つの選択は等価です。
# チェインAにあるCβ、Cγ1、Cγ2原子を選択
select (name CB or name CG1 or name CG2) and chain A
select name CB+CG1+CG2 and chain A

# 5 Å以内の全ての残基、または有機低分子を選択。
select br. all within 5 of organic

# ヘリックス構造部分を選択
select ss 'H'

# lineで表示されているものを選択
select rep lines

# 水の3Å以内で、B因子が20以下の残基をすべて選択。
select br. b<20 & (all within 3 of resn HOH)

# すべての青色になっているものを選択
select color blue

# 最初のArg残基を選択
select first resn ARG

# 1fooのセグメントGのチェインXの残基444のCα炭素を選択
select 1foo/G/X/444/CA
# 上に同じ
select 1foo and segi G and c. X and i. 444 and n. CA

# 残基番号23にCα炭素が存在するオブジェクトをまるごと選択
select bo. i. 23 and n. CA

# チェインCが存在している分子を選択
select bm. c. C

算術演算の群の結果と同様に、論理演算の群はどの演算が最初に実行されるかによって異なります。ユーザーの想定している順序で操作が実行されるようにするには、括弧を使用します。

byres ((chain A or (chain B and (not resi 125))) around 5)

PyMOL は、論理的な選択範囲を一番内側の括弧から外に展開します。