pLDDTカラーリングプラグイン

プラグインのインストール方法の手順に従って森脇のpymol-psicoのインストールがうまく行っていれば、改めて起動した後にPyMOLのコマンドラインでplddtというコマンドが使えるようになっています。このコマンドはAlphaFold2またはColabFoldで予測された構造に対し、予測のpLDDT値に応じて色分けを行ってくれます。

デフォルトでの色分けはAlphaFold Protein Structure Databaseで使われている配色に準じています。

別のカラーリングスキームとしてspectrumがあります。例えばplddt (selection), spectrum, 50, 90とすると、(selection)に入れたオブジェクトについてpLDDT値の下限（赤色）を50に上限（青色）を90としてグラデーション配色してくれます。

詳細はhelp plddtを御覧ください。