PyMOLプラグインのインストール方法

プラグインのダウンロード

例えば私が管理しているもので、 https://github.com/YoshitakaMo/pymol-psico があります。これは大元のpsicoからクローンしてきたものです。これを、例としてホームディレクトリ以下のDocumentsディレクトリにインストールします。

cd ~/Documents
git clone https://github.com/YoshitakaMo/pymol-psico.git

以上でこのpymol-psicoディレクトリをコピーしてくることができます。中身のプラグインはすべてpython言語で書かれています。オープンソース版でPyMOLをインストールした場合には、この文法はインストールに使用したpythonのバージョンに依存します。

使用のための初期設定

このプラグインを使える状態にするには、先程のpymol-psicoディレクトリにPyMOL側からPATHを通し、さらに初期化コマンドを入れて上げる必要があります。これは、pymolを開いて以下のコマンドを入力してあげると可能です。

sys.path.append(os.path.expanduser('~/Documents/pymol-psico'))
import psico.fullinit

入力する場所はここ（下の PyMOL>でも良い）

プラグイン使用のための初期設定

1行目はPATHの追加コマンドです。先程、psicoディレクトリを~/Documentsにインストールしたので、上の例では(os.path.expanduser('~/Documents/pymol-psico'))となっていますが、~/Documents以外のディレクトリに置いた場合は適宜このPATHを変更してください。2行目は、psicoモジュールの初期化コマンドです。Pythonのimportコマンドでpsicoを使えるようにします。

しかし、これを毎回PyMOLを立ち上げるたびに入れるのは面倒です。そこで、PyMOLを開いた時に最初に読み込まれる設定ファイル、~/.pymolrcに上の設定を書いておきましょう。（参考：3.1 FileのEdit pymolrcの項）そうすると、PyMOL起動時に自動で上のプラグインが使えるようになります。