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主にUndo, Redo機能を取り扱います。注意していただきたいのは、この機能は主に3.3 Buildで原子の座標に変更を加えたものに対してのみ適用される仕様であり、分子のカラーリングや視点の変更、表示形式の変更には対応していません。

Undo [Ctrl-Z]

Buildメニューから行った原子の座標変更や原子＆結合の生成・消去についての操作を取り消すことができます。ショートカットキーはCtrl（Macの方はCommandでも可）-Zの同時押しです。下記の"Max Atom Count for Undo/Redo"で設定した値までは何度も操作を取り消すことができます。

Redo [Ctrl-Y]

Undoで取り消した操作を再び呼び戻すことができます。ショートカットキーはCtrl（Macの方はCommandでも可）-Yの同時押しです。

Max Atom Count for Undo/Redo

Undo/Redoで戻せる操作の数を設定できます。デフォルトでは1000となっています。設定値は他に10000, 100000のほか、Unlimited（制限なし）やDisable Undo(実質0)を選ぶことができます。設定値を超えた分の操作は消去され、呼び出すことができなくなります。

一見無制限が良いように思えますが、PyMOLを動かしているマシンのメモリをオーバーして保存しようとするとPyMOLがクラッシュしてしまいます。現実的には1000で問題ないと思います。

コマンドはset suspend_undo_atom_count, 1000です。1000の部分は任意のint値を入れることができます。

Auto-Copy Images

PyMOL 1.8には遅くとも実装されていたようですが、Incentive版のPyMOL 2.1から全プラットフォームで実装されたようです。マニュアルによれば

auto_copy_images (boolean, default: on) controls whether or not PyMOL automatically copies images from the OpenGL viewport into the system’s clipboard.

とあるのですが、使い方がよくわかりませんでした。