第6章 プラグインを使う
PyMOLは追加のプラグインを使って機能を拡張させることができます。プラグインといっても、Excelなどで言うところの、マクロみたいなものです。理論的には、PyMOLに実装されている機能を組み合わせれば実現可能なことは、このプラグイン機能を使うことでワンコマンドで達成できるようになります。
ここではできあいのプラグインのインストール方法を示しつつ、その中でも便利なものをいくつか紹介したいと思います。
- macOSまたはLinux OS。Windowsの場合はやり方が異なる可能性があります。
- PyMOL 3.0以降をインストールしてある（バイナリ版・conda版・オープンソース版どれでも可）
- PyMOLプラグインのインストール方法 — 結晶構造の電子密度マップを表示する
- DSSPプラグイン — pair fittingでリガンドの位置を重ねる
- PyVOL GUIプラグイン — APBSプラグインを使った表面電荷表示
- pLDDTカラーリングプラグイン — 動画の作成方法