PyMOL Tutorial

PyMOLの機能をまとめた本です。 (c) 2025 YoshitakaMo All Rights Reserved.

はじめてPyMOLを使う方へ

• インストール方法については7.1 インストール方法を御覧ください。
• PyMOLを使った分子の表示方法のやり方をまとめて知りたい場合は第1章-pymolチュートリアル-アルカリホスファターゼの構造を見るから順次御覧ください。
• マウスの使い方を学びたい場合は以下のページからどうぞ。
  • 2.1 分子構造のロード
  • 2.2 配列の表示
  • 2.3 オブジェクトパネル
  • 2.4 マウス操作
• PyMOL上部メニューの詳細を知りたい方は第3章 External GUIの使い方を参考にしてください。

Change log

• 2024年12月 5日 細かいところ更新中
• 2022年 5月 3日 5.2 APBSプラグインを使った表面電荷表示を更新。
• 2021年12月13日 6.4 pLDDTカラーリングプラグインを追加。
• 2021年12月11日 5.3 動画の作成方法を追加。
• 2021年 5月 9日 Pythonからpymolモジュールをimportして使うを追加。
• 2021年 1月 5日 3.5 Displayを順次追加。
• 2020年 5月11日 3.4 Movieを追加。
• 2020年 5月 5日 5.6 PyMOL上でのpythonスクリプトの実行を追加。
• 2020年 5月 3日 1.7 タンパク質の疎水性・親水性残基の分布を確認するを追加。
• 2020年 5月 2日 1.8 タンパク質の位置依存的なアミノ酸保存度の違いを理解するを追加。
• 2020年 4月12日 Appendix 3 選択範囲の文法と演算子を追加。
• 2019年12月7日 2.3.3 色の設定を追加。
• ...
• 2019年 3月30日 作成開始。

Contribution

このtutorialはmdbookで運用しています.